20世纪60年代，战后经历了大萧条和经济飞速的发展，日本全国上下涌动着一股躁动而狂热的气息。就在某一年的夏天，于时代似乎全然脱节的高中生西见薰默默地从横须贺转学来到了长崎县的一个普通小镇。他相貌俊朗，家境优渥，学业出众，并且弹得一手好琴，但是薰自幼无法与他人长久对视，否则就会心因性引起呕吐。在新的学校，他结识了开朗的班长迎律子及其青梅竹马——不良少年川渕千太郎。性格全然不同的三个青年男女，却因灵动...

在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……...