宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰......

从五次元而来的邪恶军团“嘉克帝国”开始准备进攻地球了。而阻挡他们的是从古代开始就保护地球的艾鲁多兰和他所驾驶的雷神王。可是，雷神王被帝国的司令官贝路塞夫卑鄙的手段所伤，而坠落到地球……雷神王坠落到阳升学园里，艾鲁多兰将操纵雷神王的雷神金属托付给5年3班的学生后逝去……就这样，只有小学生参加的「地球防卫组织」成立。第二天，嘉克帝国的机器人废气邪恶兽·艾提索斯出现。这时，学生们手中的雷神金属闪耀出光芒...

雾隐小学校一年级四年级的学生雾隐小太郎住在宁静的青空镇的忍者宅邸里。他是拥有 400 多年历史的忍者雾隐流派的继承人。今天，当小太郎试图偷偷溜出训练去玩耍时，他与他的父亲藤兵卫发生了争吵。然而，当托比扔出炸弹时，他意外地摧毁了藏有悟空的巨石，悟空是阴谋统治整个宇宙的魔界黑暗之王。复活的悟空亚克试图将人类世界变成大魔界，但守护地球的光之战士艾尔德兰牺牲了自己的生命，重新封印了悟空亚克。然而，悟空却抓...